Международная группа ученых под руководством Родерика Гиго из Центра геномной регуляции в Барселоне показала, что изменения в экспрессии генов в различных тканях, вызванные смертью, могут быть использованы для предсказания времени смерти индивидуума. Как сообщается в статье, опубликованной на этой неделе в журнале Nature Communications, исследователи предполагают, что путем анализа нескольких легкодоступных тканей (например, легких или кожной ткани) можно с большой точностью определить посмертный интервал (время, прошедшее после смерти), и это может иметь последствия для проведения судебно-медицинской экспертизы.
Все началось с проекта GTEx, целью которого было создание справочной базы данных и банка тканей для ученых с целью изучения того, как геномные варианты влияют на активность генов и восприимчивость к болезням. GTEx был разработан для отбора образцов как можно большего количества тканей у большого числа индивидуумов, чтобы понять причинно-следственные связи генов и вариантов, а также то, какие ткани способствуют предрасположенности к болезням. «Данные ГТЭкс позволяют нам задать вопросы о генетических вариациях и их влиянии на экспрессию генов как в одной ткани, так и во многих тканях. Поскольку все образцы, которые мы используем, поступают от умерших доноров, нам необходимо выяснить, были ли изменения в экспрессии генов, связанные со смертью или временем смерти, чтобы мы могли лучше смоделировать наши предсказания о вариациях между тканями или в болезни», — объясняет Родерик Гуиго, ведущий автор данного исследования и координатор программы по биоинформатике и геномике в CRG.
Чтобы понять тканеспецифические изменения в экспрессии генов после смерти человека, Родерик Гуиго и его коллеги изучили данные РНК-последовательностей более 7000 образцов из 36 различных тканей, полученных от 540 доноров в рамках проекта GTEx. Они показали, что время после смерти влияет на экспрессию генов и что этот эффект варьируется от ткани к ткани. Авторы разработали модели для предсказания изменений экспрессии генов в послесмертном интервале на основе этих тканеспецифичных изменений с использованием высокопроизводительного секвенирования клетки.
«Мы обнаружили, что многие гены изменяют экспрессию на относительно коротких послесмертных интервалах, в основном тканеспецифическим образом. Эта информация помогает нам лучше понять изменения, а также позволяет нам идентифицировать транскрипционные события, вызванные смертью в организме», — добавляет Педро Г. Феррейра, выпускник CRG, в настоящее время работающий в Институте молекулярной патологии и иммунологии Университета Порту в Португалии.
Исследователи изучали влияние различных ковариантов на биологический анализ. Модель может быть дополнительно усовершенствована, чтобы сделать ее применимой к сценарию криминалистической экспертизы и разработать протокол для потенциального внедрения в судебно-медицинскую патологию.
